Die Geschäftsstelle der Initiative Wissenschaft im Dialog hat die Rechtsform einer gGmbH. Ihre Gremien sind die Gesellschafterversammlung und der Lenkungsausschuss. Die Gesellschaft hat ihren Sitz in Berlin.
In der Gesellschafterversammlung sind die Präsidenten und Vorsitzenden der an der gGmbH beteiligten Wissenschaftsorganisationen vertreten. Sie bestimmt die Richtlinien der Arbeit von Wissenschaft im Dialog und tagt mindestens einmal im Jahr.
Dem Lenkungsausschuss gehören Vertreter der Wissenschaftsorganisationen an, je ein Repräsentant des Bundesministeriums für Bildung und Forschung und des Stifterverbandes für die Deutsche Wissenschaft sowie der Vorsitzende des Ausschusses. Der Lenkungsausschuss beschließt die Aktivitäten der Gesellschaft und berät und unterstützt die Geschäftsführung bei der Verwirklichung der Aktivitäten. Der Ausschuss tagt in der Regel dreimal jährlich. Die Mitglieder des Ausschusses sind:
Prof. Dr. Gerold Wefer (Vorsitz)
Universität Bremen
Cornelia Quennet-Thielen
Staatssekretärin im Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
Dr. Andreas Schlüter
Generalsekretär des Stifterverbandes für die Deutsche Wissenschaft
Prof. Dr.-Ing. Matthias Kleiner
Präsident der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG)
Prof. Dr.-Ing. Hans-Jörg Bullinger
Präsident der Fraunhofer-Gesellschaft (FhG)
Prof. Dr. Jürgen Mlynek
Präsident der Helmholtz-Gemeinschaft
Prof. Dr. Margret Wintermantel
Präsidentin der Hochschulrektorenkonferenz (HRK)
Prof. Dr. Peter Gruss
Präsident der Max-Planck-Gesellschaft (MPG)
Prof. Dr. Karl Ulrich Mayer
Präsident der Leibniz-Gemeinschaft
Prof. Dr. Peter Strohschneider
Vorsitzender des Wissenschaftsrates (WR)
Dr. Thomas Gräbener
Präsident der Arbeitsgemeinschaft industrieller Forschungsvereinigungen (AiF)
Prof. Dr. Günter Stock
Präsident der Berlin-Brandenburgischen Akademie der Wissenschaften
Prof. Dr.-Ing. habil. Bruno O. Braun
Vorsitzender des Deutschen Verbandes Technisch-Wissenschaftlicher Vereine (DVT)
Prof. Dr. Dr. h.c. mult. Hans Peter Zenner
Präsident der Gesellschaft Deutscher Naturforscher und Ärzte (GDNÄ)
Dr. Ekkehard Winter
Geschäftsführer Deutsche Telekom Stiftung (DTS)
Dr. Ingrid Wünning Tschol
Bereichsleiterin Wissenschaft und Forschung der Robert Bosch Stiftung (RBS)